Massivt parallell sekvensering
Kurs: MDBI
aliases: [Next-generation sequencing, NGS, Massiv parallellsekvensering]
| Typ | Molekylärdiagnostisk metod (DNA-sekvensering) |
| Synonym | Next-generation sequencing (NGS) |
| Princip | Miljontals DNA-fragment sekvenseras samtidigt (parallellt) |
| Nyckelanvändning | Mutationsanalys och tumörprofilering i modern Molekylärpatologi |
Vad är det?
- En sekvenseringsteknik där ett mycket stort antal DNA-fragment avläses parallellt, vilket gör det möjligt att kartlägga allt från enskilda genpaneler till hela genom snabbt och kostnadseffektivt.
- Har ersatt riktad Sanger-sekvensering för storskalig mutationsdiagnostik.
Princip/Utförande
- Biblioteksprep: DNA fragmenteras och förses med adaptrar.
- Amplifiering och parallell sekvensering: fragmenten avläses samtidigt, vilket ger hög “djup” (coverage).
- Bioinformatik: läsningar mappas mot referensgenom och varianter kallas.
Indikation/Användning
- Tumörprofilering: identifierar behandlingsstyrande mutationer (t.ex. EGFR, KRAS, BRAF) för Målriktad cancerbehandling.
- Ärftlig cancer: analys av t.ex. 2.
- Liquid biopsy: analys av cirkulerande tumör-DNA i blod.
- Mikrobiologisk typning och detektion av MSI/TMB.
Tolkning/Fallgropar
- Kräver tillräcklig tumörcellhalt och kvalitet på DNA; låg allelfrekvens kan missas vid otillräckligt sekvenseringsdjup.
- Fynd måste tolkas för klinisk relevans (drivarmutation vs. passagerarmutation) och kan ge oväntade bifynd.
Tenta-fokus
Massivt parallell sekvensering = NGS. Kärnpoängen: många gener/prover analyseras SAMTIDIGT, vilket gör bred mutationsprofilering för Målriktad cancerbehandling möjlig — till skillnad från Sanger som läser en sekvens i taget.
Klinisk pärla
Tumörhalten i provet är kritisk — en biopsi med få tumörceller kan ge falskt negativ mutationsanalys. Patologen bedömer och markerar tumörrikt område före analys.
Kopplingar
- Molekylärpatologi — fältet metoden tillhör
- Målriktad cancerbehandling — styrs av mutationsfynden
- Sanger-sekvensering — äldre metod den ersatt
- Liquid biopsy — tillämpning på cirkulerande tumör-DNA
- Tumörmutationsbörda — mått som kräver bred sekvensering