Molekylär bakteriediagnostik

Kurs: MDBI Del: 02 Mikrobiologi, Immunologi och Transfusionsmedicin Avsnitt: 02 Laboratoriemetoder – bakteriologi

Vad är det?

Molekylär bakteriediagnostik är metoder baserade på påvisning av bakteriers arvsmassa. De siktar antingen på att detektera en unik gensekvens eller på att påvisa hela arvsmassan. Metoderna har hög känslighet och specificitet och används i allt större omfattning.

Mekanism

• Kan detektera små mängder bakterier och även svårodlade, långsamväxande och döda bakterier från kliniska prov.
• Snabbare än odling och påverkas mindre av pågående antibiotika (påvisar arvsmassa även från döda bakterier).
• Vanliga metoder:

Metod	Användning
PCR (artspecifik / panel)	Snabb påvisning av utvald gensekvens
16S rRNA-sekvensering	Identifiering av ovanliga bakterier
NGS (helgenomsekvensering)	Snabb sekvensering av stora mängder DNA

• Ger vanligen begränsad information om antibiotikaresistens (kan påvisa vissa resistensgener men inte hela resistensmönstret).

Klinisk relevans & Diagnostik

• Värdefull vid svårodlade agens, negativ odling efter antibiotika, och för snabb identifiering vid allvarlig infektion.
• Ersätter inte odling när resistensbestämning behövs.

Klinisk pärla

Molekylära metoder påvisar arvsmassa även från döda bakterier — därför kan de vara positiva efter påbörjad antibiotika när odlingen blivit falskt negativ. Baksidan: ett positivt PCR bevisar inte att bakterien lever eller orsakar sjukdom.

Kopplingar

Relaterat: PCR, 16s rRNA, NGS, Odling, Antigendetektion, Antibiotikaresistens