Variantallelfrekvens

aliases: [VAF, Variant allele frequency, Allelfrekvens]

Kurs: MDBI

Typ	Molekylärpatologiskt mått (sekvensering)
Förkortning	VAF (variant allele frequency)
Nyckelpoäng	Andel avläsningar som bär varianten i ett prov

Vad är det?

• Andelen sekvenseringsavläsningar (reads) på en position som innehåller varianten, av totalt antal avläsningar. Anges i procent eller som decimal.
• Speglar hur stor fraktion av allelerna i provet som bär mutationen — och därmed indirekt hur stor andel celler som är muterade.

Funktion / tolkning

• Konstitutionell (germline) heterozygot variant → VAF ≈ 50 %; homozygot → ≈ 100 %.
• Somatisk (tumör-) variant → varierande, ofta lägre VAF beroende på tumörcellhalt i provet och klonal sammansättning.
• Låg VAF kan spegla en liten subklon, klonal hematopoes eller mosaicism.
• Måste tolkas mot täckningsdjup (coverage): låg VAF vid lågt djup är osäker.

Diagnostisk användning

• Skiljer sannolik germline (~50/100 %) från somatisk variant.
• Följer behandlingssvar/minimal kvarvarande sjukdom vid t.ex. leukemi — sjunkande VAF vid respons.
• Ingår i tolkningen av en VUS.

Tenta-fokus

Koppla VAF till ursprung: ≈50 % talar för heterozygot konstitutionell variant, variabel/låg VAF talar för somatisk variant vars nivå beror på tumörcellhalten.

Klinisk pärla

En låg VAF är inte automatiskt “svag” — den kan spegla en liten men kliniskt viktig subklon. Tolka alltid tillsammans med täckningsdjup och tumörcellhalt.

Kopplingar

• NGS — metoden som ger måttet
• Somatisk mutation — VAF speglar tumörfraktion
• Germline — ger karakteristiska ~50/100 % nivåer
• Klonal hematopoes — förklarar låga VAF-fynd
• Variant av oklar signifikans — VAF är en tolkningsparameter