CuraKI

Next generation sequencing

Next generation sequencing

Kurs: MDBI

TypMolekylär diagnostisk metod (massiv parallell DNA-sekvensering)
NyckelfyndSekvenserar miljontals DNA-fragment parallellt → hög genomströmning
Användningmutationsanalys i tumörer, ärftlighetsdiagnostik, genpaneler

Vad är det?

  • Next generation sequencing (NGS), massiv parallell sekvensering, är en samling tekniker som sekvenserar ett mycket stort antal DNA-fragment samtidigt.
  • Ersätter i stor utsträckning klassisk Sanger-sekvensering när man vill analysera många gener/positioner på en gång.

Princip och utförande

  • Bibliotekspreparation: DNA (eller cDNA från RNA) fragmenteras och förses med adaptrar.
  • Massiv parallell sekvensering: miljontals fragment läses samtidigt; varje position täcks många gånger (coverage).
  • Bioinformatik: läsningar alignas mot referensgenom och varianter kallas.
  • Format: riktade genpaneler, helexomsekvensering (WES) eller helgenomsekvensering (WGS).

Indikation och användning

Tolkning och fallgropar

  • Kräver tillräckligt sekvenseringsdjup och tumörcellhalt; låg allelfrekvens kan missas.
  • Skilj somatiska (tumör) från konstitutionella (germline) varianter; hantering av varianter av oklar signifikans (VUS).

Tenta-fokus

NGS = massiv parallell sekvensering av många gener samtidigt, till skillnad från Sanger (en region i taget). Central i modern precisionsonkologi för att hitta behandlingsstyrande mutationer.

Klinisk pärla

“Djup” (coverage) är allt: för att hitta en mutation i en liten andel tumörceller behövs hög täckning. Låg tumörcellhalt eller lågt djup → falskt negativt svar.

Kopplingar

Graph View

Backlinks