DNA-analys

Kurs: MDBI

Typ	Molekylärpatologisk metodgrupp
Undersöker	Mutationer, kopietal, translokationer, metylering
Metoder	PCR, NGS, FISH, mutationspaneler
Material	FFPE, färskfryst, cellblock, blod, benmärg

Vad är det?

• DNA-analys i patologin omfattar molekylära metoder som kartlägger genetiska förändringar i tumör- eller patient-DNA.
• Ger diagnostisk, prognostisk och prediktiv (behandlingsstyrande) information utöver morfologi och immunhistokemi.
• Utförs på FFPE-vävnad, färskfryst material, cellblock, blod och benmärg.

Princip och utförande

• PCR — amplifierar en DNA-sekvens; grund för många tester.
• Sekvensering — Sanger (enstaka gen) eller massiv parallellsekvensering (paneler, hela exom/genom).
• FISH/CISH — påvisar translokationer, amplifiering och deletioner in situ.
• Mutationspaneler och klonalitetsanalys (B-/T-cell) inom hematopatologi.

Indikation och användning

• Diagnos: t.ex. BRAF i papillär tyreoideacancer/melanom, KIT i GIST, fusioner i sarkom/leukemi.
• Prediktion: EGFR/ALK/KRAS i lungcancer för målriktad terapi.
• Klonalitet: skilja reaktiv från neoplastisk lymfoid proliferation.
• Ärftlighet: germinala mutationer (TP53, MEN1, CDC73).

Tolkning och fallgropar

• FFPE-artefakter (formalin ger deaminering → falska C>T-varianter).
• Låg tumörcellhalt kan kräva makro-/mikrodissektion för anrikning.
• VUS (variant av oklar betydelse) måste tolkas i klinisk kontext.
• Skilj somatisk (tumör) från germinal (nedärvd) variant.

Tenta-fokus

DNA-analys på FFPE möjliggör mutations- och fusionsdiagnostik som styr målriktad behandling; klonalitetsanalys (genrearrangemang) skiljer reaktiv från neoplastisk lymfoid proliferation. Provets tumörcellhalt och fixering avgör om det håller.

Klinisk pärla

Begär tillräckligt och rätt fixerat material — ett cellfattigt eller överfixerat prov kan omöjliggöra NGS och därmed behandlingsval.

Kopplingar

• Sekvensering — Sanger och NGS
• Mutationspanel — riktad genanalys
• FISH — påvisar translokationer/amplifiering
• Genrearrangemang — klonalitetsanalys i hematopatologi
• Immunhistokemi — kompletterande analys på proteinnivå
• Digital patologi — samlar morfologi och molekylära data