Introduktion och provtagning
Kurs: MDBI Del: 02 Mikrobiologi, Immunologi och Transfusionsmedicin
Målsättning
- Kunna redogöra för hur man tar prover och vilka provtagningstekniker som finns inom klinisk mikrobiologi.
- Kunna beskriva den mikrobiologiska epidemiologin för de vanligaste infektionssjukdomarna.
- Kunna förstå de diagnostiska metoderna och förklara deras fördelar och nackdelar.
- Kunna tolka mikrobiologiska provsvar.
Klinisk mikrobiologi handlar i grunden om att svara på en enda fråga: vilken mikroorganism gör patienten sjuk, och vad är den känslig för? Men svaret är bara så bra som provet det bygger på. Ett prov som tagits fel, kontaminerats eller skickats utan rätt uppgifter kan ge ett vilseledande svar, och därför börjar hela ämnet med provtagningen. Det här avsnittet lägger grunden — vad klinisk mikrobiologi omfattar, när diagnostik görs och hur man tar och remitterar ett prov så att laboratoriet kan ge ett användbart svar.
Vad är klinisk mikrobiologi?
Klinisk mikrobiologisk diagnostik omfattar mer än att bara hitta en bakterie. Den innefattar detektion och identifiering av orsakande mikroorganismer, resistensbestämning, epidemiologisk typning och smittspårning — alltså både att styra behandlingen av den enskilda patienten och att skydda omgivningen. Ämnet delas traditionellt in i fyra delar: klinisk bakteriologi, klinisk virologi, klinisk mykologi (svamp) och klinisk parasitologi. Att infektionssjukdomar hör till världens viktigaste hälsoproblem blev tydligt under SARS-CoV-2-pandemin, men redan dessförinnan var infektioner en av de tre vanligaste dödsorsakerna globalt.
När utförs diagnostik?
Man tar inte prov på allt och alla, utan laboratoriediagnostik görs i vissa väldefinierade situationer. Vid allvarliga infektioner som sepsis, endokardit och meningit tas alltid prov. Diagnostik görs också inför och under behandling med antibiotika och vid uppföljning av den, samt för att kunna avstå från onödig antibiotika — till exempel genom att skilja en virusinfektion från en bakteriell. Slutligen görs diagnostik av hänsyn till smittrisk, placering på sjukhus (vårdhygien) och epidemiologisk utredning vid utbrott.
Provtagning
Grundregeln är enkel: ett korrekt prov taget på rätt sätt ger den största möjligheten att detektera och isolera den orsakande mikroben. Det man framför allt vill undvika är kontamination med normalflorabakterier och miljömikrober, eftersom sådan förorening gör svaret svårtolkat eller till och med falskt positivt. Provet ska dessutom transporteras till laboratoriet så snabbt som möjligt och under rekommenderade förhållanden — alla större laboratorier publicerar detaljerade provtagningsanvisningar just för att transporten är så viktig.
Remissuppgifter
Ett bra prov räcker inte om laboratoriet saknar den kliniska kontexten. Korrekt tolkning kräver relevant information på remissen, och även om vad som är betydelsefullt varierar mellan olika infektioner och prov bör i regel tre saker alltid finnas med: en kort anamnes vid misstänkt infektion (symtom, förlopp, insjukningsdatum), patientens grundsjukdomar av betydelse, och eventuell pågående antibiotikaterapi. Det sista är särskilt viktigt eftersom påbörjad antibiotika kan förklara varför en odling blir negativ.
Definition
Exempel på kort men värdefull anamnes på en odlingsremiss: “Feber + frossa 2 dagar. BPH. Misstänkt urosepsis. Cefotaxim efter provtagning.” — den anger frågeställning, riskfaktor och att prov tagits före antibiotika.
Tenta-fokus
Klinisk mikrobiologi omfattar bakteriologi, virologi, mykologi och parasitologi. Diagnostik görs framför allt vid allvarliga infektioner, inför/vid antibiotikabehandling, vid smittrisk och för epidemiologi. Ta odling före första antibiotikadosen.
Klinisk pärla
Bra kvalitet vid provtagning och kompletterande remissuppgifter är båda avgörande för laboratorieresultatet — ett perfekt prov med tom remiss ger ofta ett värdelöst svar.
Kopplingar
Relaterat: Provtagning, Remiss, Normalflora, Kontamination, Antibiotika, Sepsis