DNA-prob

Kurs: MDBI

Typ	Molekylärt verktyg — märkt enkelsträngat DNA
Princip	Hybridiserar komplementärt till en målsekvens
Märkning	Fluorofor (FISH), kromogen (CISH), biotin/digoxigenin
Användning	In situ-hybridisering; påvisar gener och loci

Vad är det?

• En DNA-prob är ett märkt, enkelsträngat DNA-fragment vars sekvens är komplementär till en målsekvens.
• Genom hybridisering (basparning med målet) kan en specifik gen, lokus eller kromosomregion lokaliseras och visualiseras.

Princip / Utförande

• Provets DNA denatureras, proben tillsätts och binder sin komplementära sekvens; obundet material tvättas bort.
• Bunden prob detekteras via sin märkning:
  • Fluorofor → FISH (fluorescensmikroskop)
  • Kromogen/enzym → CISH (ljusmikroskop)
  • Biotin/digoxigenin → indirekt detektion.

Indikation / Användning

• Lokusspecifika prober — påvisar en viss gen (amplifiering/deletion).
• Centromer-/enumerationsprober — räknar kromosomkopior (Aneuploidi).
• Break-apart-prober — flankerar en Brottpunkt och avslöjar rearrangemang.
• Dual-fusion-prober — bekräftar en specifik fusion.

Tolkning / Fallgropar

• Probens specificitet och storlek avgör upplösningen; korshybridisering och autofluorescens är felkällor.
• Kräver att målsekvensen är känd och bevarad i preparatet.

Tenta-fokus

En DNA-prob är märkt enkelsträngat DNA som hybridiserar komplementärt till sitt mål. Probtypen (break-apart, dual-fusion, centromer, lokusspecifik) avgör vad FISH/CISH kan påvisa.

Klinisk pärla

Rätt probdesign är allt: en break-apart-prob avslöjar rearrangemang oavsett partner, medan en dual-fusion-prob bekräftar en bestämd fusion — välj efter frågeställningen.

Kopplingar

• FISH — använder fluorescensmärkta prober.
• CISH — använder kromogenmärkta prober.
• Brottpunkt — flankeras av break-apart-prober.
• Genlokus — det proben riktas mot.
• In situ-hybridisering — metoden proben ingår i.