Array-CGH

Kurs: MDBI

Typ	Molekylär/cytogenetisk analysmetod
Princip	Detekterar kopietalsförändringar genom kompetitiv hybridisering mot referens-DNA
Nyckelfynd	Kartlägger genomvida vinster/förluster utan att kräva delande celler

Vad är det?

• Array-CGH (array comparative genomic hybridization, ibland kallad matris-CGH eller genomisk mikroarray) är en molekylärgenetisk metod som mäter DNA-kopietal över hela genomet i en enda analys.
• Patientens DNA och ett normalt referens-DNA märks med olika fluorescerande färger och får hybridisera mot tusentals fastsittande DNA-prober på ett glas (Mikroarray).
• Färgkvoten på varje punkt anger om patienten har en Deletion (förlust) eller duplikation (vinst) i det området.
• Till skillnad från klassisk Karyotypering krävs inga levande, delande celler och upplösningen är mycket högre (ned till kilobasnivå).

Princip och utförande

• Kompetitiv kohybridisering av tumör-/patient-DNA mot referens-DNA.
• Log2-kvoter beräknas per prob; avvikelser från noll indikerar kopietalsförändring.
• Kan utföras på FFPE-vävnad, vilket gör den användbar i patologisk diagnostik.

Indikation och användning

• Konstitutionell diagnostik: utredning av Utvecklingsstörning, missbildningar och mikrodeletionssyndrom (har till stor del ersatt karyotyp vid dessa frågeställningar).
• Tumördiagnostik: kartläggning av onkogenamplifieringar och förlust av tumörsuppressorgener, t.ex. som stöd vid oklara Sarkom och hjärntumörer.
• Prenatal och postnatal utredning av oklar fenotyp.

Tolkning och fallgropar

• Detekterar inte balanserade translokationer eller inversioner (kopietalet är oförändrat).
• Ser inte Mosaicism under en viss nivå och skiljer inte alltid patogena varianter från godartade CNV:er.
• Kräver kompletterande metoder (FISH, sekvensering) för punktmutationer och fusionsgener.

Tenta-fokus

Array-CGH ser obalanserade förändringar (vinster/förluster) men missar balanserade translokationer och punktmutationer. Detta är den klassiska begränsningen jämfört med Karyotypering respektive FISH.

Klinisk pärla

Behöver inga delande celler → fungerar på FFPE och icke-odlingsbara prover, där konventionell kromosomanalys ofta misslyckas.

Kopplingar

• FISH — riktad metod för fusioner/translokationer som array-CGH missar
• Karyotypering — lägre upplösning men ser balanserade förändringar
• Kopietalsvariation — det array-CGH mäter
• Mikroarray — den tekniska plattformen
• Onkogen — amplifiering påvisas med metoden