Nukleinsyraamplifiering

Kurs: Basvetenskap 6

Vad är det?

• Samlingsnamn (NAAT, nucleic acid amplification test) för metoder som mångfaldigar en specifik DNA- eller RNA-sekvens så att den kan detekteras.
• Vanligaste tekniken är PCR (och realtids-PCR, qPCR). Vid RNA-mål görs först omvänd transkription (RT-PCR), t.ex. för SARS-CoV-2, Influensa och HIV.
• Andra varianter: TMA, LAMP och multiplex-paneler som testar tiotals agens i ett svep.

Varför är det viktigt / Mekanism

• Cykel för cykel fördubblas målsekvensen: denaturering → primerhybridisering → förlängning med DNA-polymeras. Efter 30–40 cykler är en enda målmolekyl teoretiskt uppe i miljardfaldig mängd.
• Ct-värdet (cycle threshold) är antalet cykler som krävdes för att nå detektionströskeln. Lågt Ct = mycket mål-DNA; högt Ct = lite. Det är ett halvkvantitativt mått, inte en smittsamhetsmätare.
• Styrkor: extremt hög sensitivitet, snabbt svar, och fungerar på agens som är svåra eller farliga att odla — Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma pneumoniae, Mycobacterium tuberculosis, virus, Pneumocystis jirovecii.
• Svagheter: detekterar nukleinsyra, inte levande organism. Ger ingen Resistensbestämning utöver de resistensgener man specifikt letar efter.

Klinisk relevans & Diagnostik

• Klamydia och gonorré diagnostiseras med NAAT på urin eller självtaget prov — odling behövs dock fortfarande vid gonorré för resistensbestämning.
• RIF ger TB-diagnos och rifampicinresistens på under två timmar och har förändrat TB-diagnostiken globalt.
• Positiv PCR efter behandling betyder ofta kvarvarande dött material: därför tas kontrollprov vid klamydia tidigast efter 4–5 veckor, och kvarstående SARS-CoV-2-PCR i veckor efter tillfrisknande innebär inte smittsamhet.
• Tolkning kräver alltid klinisk kontext: ett fynd av ett agens som ingår i normalfloran (t.ex. i en luftvägspanel) kan vara bärarskap.

Klinisk pärla

Den höga sensitiviteten är också metodens svaghet: vid låg pretestsannolikhet blir de flesta positiva svar falska eller kliniskt betydelselösa. Sensitivitet och specificitet avgör inte ensamt vad ett svar betyder — prevalensen gör det.

Tenta-fokus

PCR har ett fönster i början av infektionen då mängden nukleinsyra ännu är under detektionsgränsen. Ett negativt svar mycket tidigt utesluter därför inte infektion — vilket är precis skälet till att Herpesencefalit behandlas trots negativ PCR de första 48 timmarna.

Kopplingar

Relaterat: Sensitivitet och specificitet, Serologi, Resistensbestämning, Chlamydia trachomatis, Tuberkulos, Herpesencefalit