NAAT
Kurs: Basvetenskap 6
| Typ | Nukleinsyraamplifieringstest (Nucleic Acid Amplification Test) |
| Princip | Exponentiell amplifiering av specifik DNA/RNA-sekvens |
| Sensitivitet | 90–99 % — högst av alla mikrobiologiska metoder |
| Svarstid | 1–4 timmar (snabb-NAAT ca 20–90 min) |
| Huvudanvändning | Klamydia/Gonorré, Tuberkulos, SARS-CoV-2, Influensa |
| Begränsning | Skiljer inte levande från dött agens |
Vad är det?
- Samlingsbegrepp för molekylärbiologiska metoder som påvisar mikroorganismers arvsmassa genom att kopiera (“amplifiera”) en målsekvens tills den blir detekterbar.
- PCR är den vanligaste varianten, men gruppen omfattar även TMA (transkriptionsmedierad amplifiering), LAMP (isotermal loopamplifiering) och SDA.
Princip
- Denaturering (95 °C): dubbelsträngat DNA separeras.
- Annealing (50–65 °C): specifika primers binder flankerande sekvenser på målgenen.
- Elongering (72 °C): Taq-polymeras syntetiserar komplementär sträng.
- Varje cykel fördubblar mängden mål — 30–40 cykler ger teoretiskt 10⁹-faldig amplifiering, vilket förklarar att enstaka kopior kan detekteras.
- Vid RNA-agens (HIV, SARS-CoV-2, Hepatit C) föregås processen av omvänt transkriptas som gör cDNA (RT-PCR).
Utförande och varianter
| Variant | Kännetecken | Klinisk användning |
|---|---|---|
| Konventionell PCR | Gelanalys efter körning, kvalitativ | Alltmer ersatt |
| Realtids-PCR (qPCR) | Fluorescens mäts löpande, ger Ct-värde | Standard, semikvantitativ |
| Multiplex-PCR | Flera mål samtidigt | Luftvägspaneler, gastroenteritpaneler |
| TMA | Isotermal, RNA-mål, mycket känslig | Klamydia/gonorré |
| Point-of-care NAAT | Kassettbaserad, svar <1 h | GeneXpert för TB och rifampicinresistens |
Tolkning
- Ct-värde (cycle threshold) = antal cykler innan signal överstiger bakgrund. Lågt Ct (<20) motsvarar hög mängd nukleinsyra, högt Ct (>35) mycket lite material.
- Positivt svar betyder att arvsmassa finns — inte nödvändigtvis att organismen är levande eller orsakar sjukdom.
- Kvantitativ NAAT används för behandlingsuppföljning: HIV-RNA (virusmängd), Hepatit B-DNA, CMV-DNA hos transplanterade.
- Internkontroll måste alltid medfölja för att upptäcka hämning av reaktionen — annars risk för falskt negativt svar.
Kliniska tillämpningar
- Chlamydia trachomatis och Neisseria gonorrhoeae: NAAT på urin (män) eller självtaget vaginalprov har ersatt odling helt. Vid gonorré tas dock kompletterande odling för resistensbestämning.
- Tuberkulos: GeneXpert MTB/RIF ger svar på både förekomst och rifampicinresistens inom två timmar, jämfört med 2–6 veckor för odling.
- Virusdiagnostik där odling är opraktisk: SARS-CoV-2, influensa, RSV, Norovirus, Herpes simplex i likvor vid encefalit.
- Meningit: likvor-PCR-panel identifierar agens även efter påbörjad antibiotika, då odlingen ofta blir negativ.
Fallgropar
- Kontamination: amplifierad produkt (amplikon) i laboratorieluften kan ge falskt positiva svar — separata rum för pre- och post-PCR krävs.
- Kvarvarande DNA: klamydia-NAAT kan vara positiv 3–5 veckor efter framgångsrik behandling; kontrollprov tas därför tidigast efter 5 veckor.
- Hämmare i provet (hemoglobin, heparin, faeces) kan ge falskt negativa svar.
- Mutationer i primerbindningsstället gör att nya varianter missas — därför riktas moderna test mot flera gener.
Klinisk pärla
Ett positivt NAAT-svar med högt Ct-värde hos en tillfrisknad patient betyder oftast kvarvarande nukleinsyrafragment, inte pågående smittsamhet. Detta var avgörande under COVID-19-pandemin när patienter kunde vara PCR-positiva i veckor utan att vara smittsamma.
Tenta-fokus
NAAT har ersatt odling som gold standard för klamydia och gonorré, men odling behövs fortfarande för resistensbestämning. Kom också ihåg att kontrollprov efter klamydiabehandling ska tas tidigast 5 veckor efter avslutad kur.
Kopplingar
- PCR — vanligaste NAAT-metoden
- Chlamydia trachomatis — klassisk NAAT-indikation
- Tuberkulos — GeneXpert ger snabb resistensbesked
- Odling — jämförelsemetod, krävs för resistensbestämning
- Sensitivitet och specificitet — grund för tolkning av testresultat